19ème siècle : renaissance et affirmation de la vocation scientifique
Après avoir servi successivement de prison, de caserne puis de maison de correction, les locaux de l’ancien collège d’Harcourt sont attribués à l’enseignement secondaire par une ordonnance royale du 10 août 1820. Le nouvel établissement s’appellera collège royal de Saint Louis jusqu’en 1848, puis lycée Saint Louis après avoir porté quelques mois le nom de lycée Monge.
Rapidement la vocation scientifique du nouvel établissement s’affirme. En 1843, pour la première fois, un de ses élèves remporte le premier prix de mathématiques au concours général ; dans les décennies suivantes, le lycée figure régulièrement au palmarès de cette épreuve à tel point qu’en 1889 il a, entre autres, déjà remporté neuf fois le premier prix de mathématiques.
Entre-temps, en 1866, le lycée ouvre plusieurs divisions préparant aux concours d’entrée aux Ecoles Polytechniques, Normale-sciences, Centrale, Forestière et Saint-Cyr ; en 1885, s’y ajoute une préparation à l’Ecole Navale. Les succès remportés régulièrement à ces divers concours renforcent le poids des sections scientifiques et en 1885, la décision est prise de leur réserver l’internat, à la suite de l’ouverture du lycée Lakanal qui accueille une partie des élèves de Saint-Louis. Parallèlement à cette prise d’importance des sections scientifiques, les petites classes ainsi que tout le premier cycle du secondaire disparaissent dès avant la fin du 19ème siècle.